Als zweite Ursache gilt eine verzögerte Verdauung durch die gleichzeitige Aufnahme von Kohlenhydrat- und Proteinprodukten. Den strengen Richtlinien der Trennkost zufolge soll die Ernährung eines Menschen zum überwiegenden Teil aus Basenbildenden (Obst, manche Gemüse, Salat, Milch, Butter, Joghurt) und zum geringeren Teil aus Säurebildenden (Fleisch, Käse, Fisch, Kartoffeln, Vollkornbrot) Nahrungsmitteln bestehen. Neutral verhalten sich Öle, viele Gemüse und Gewürze. Bei der Trennkost werden proteinhaltige oder kohlenhydrathaltige Lebensmittel jeweils mit neutralen Lebensmitteln kombiniert.
Trennkost-Tabelle
In heutiger Zeit sieht man die Regeln der althergebrachten (strengen) Trennkost, vor allen in Bezug auf eine freiwillige Diät bzw. generelle Ernährungsumstellung etwas lockerer. Die wichtigste Regel lautet hierbei: Keine gleichzeitige Einnahme von Proteinen- und Kohlenhydraten in einer Mahlzeit, um einer ungenügenden und verzögerten Verdauung vorzubeugen.
Zu den Mahlzeiten nicht mehr Flüssigkeit als notwendig (am besten Gemüsesaft) trinken, um dem Magensaft möglichst unverdünnt die Verdauung einleiten zu lassen. Zwischen dem Verzehr von Proteinen und Kohlenhydraten wird eine mind. vierstündige Pause empfohlen.
Um die Trennkost-Strategie nach neusten Erkenntnissen zu optimieren, unbedingt den regelmäßige Verzehr gleicher Nahrungsmittel vermeiden. Hier sei das Stichwort "Rotationsdiät" genannt, was bedeutet, dass Nahrungsmittel möglichst unregelmäßig gegessen werden sollen. Also ein häufiger Wechsel der Grundnahrungsmittel mit einem Augenmerk darauf, sich nicht zu einheitlich von Weizenprodukten zu ernähren, da Weizen überproportional häufig in vielen Lebensmitteln anzutreffen ist.

Tipp: Man sollte versuchen, die Diät so einfach wie möglich zu halten. So wird mit der Zeit auch aus einfacheren Mahlzeiten mehr Nutzen gezogen und das Verlangen nach aufwendigen Speisen wird, sobald der Organismus reagiert, zugunsten unkomplizierter Speisen abnehmen.